Kolegium Europy Wschodniej zostało założone w roku 2001 z inicjatywy Jana Nowaka-Jeziorańskiego. Przekonał on do tego pomysłu władze Wrocławia, Województwa Dolnośląskiego i Zakładu Narodowego im. Ossolińskich we Wrocławiu oraz Fundację Krzyżowa i Dom spotkań im. Angelusa Silesiusa.
Idea powołania fundacji zajmującej się krajami, które niegdyś tworzyły dawną Rzeczpospolitą narodziła się wiosną 2000 roku w czasie podróży do Krzyżowej.
Spotkanie powołujące działalność fundacji odbyło się w dniu 8 lutego 2001 roku we wrocławskiej sali Ratusza. Poprzedziła go Msza Święta we wrocławskiej katedrze, którą odprawił Ksiądz Kardynał Henryk Gulbinowicz.
Fundacja została oficjalnie zarejestrowana w dniu 19 maja 2001 roku.
Początki działalności były bardzo trudne. Fundacja nie miała siedziby, budżetu, pracowników. Miała charyzmatycznego inicjatora – Jana Nowaka-Jeziorańskiego. Przyjeżdżał on wtedy niezwykle często do Wrocławia, pomimo swoich prawie 90 lat.
Jednym z pierwszych działań Kolegium było zorganizowanie Festiwalu Kultury Ukraińskiej UKRAINA VIVA! Była to pierwsza poważna prezentacja kultury ukraińskiej we Wrocławiu. Festiwal przygotowała nowopowstająca fundacja we współpracy z wrocławskim Ośrodkiem Kultury i Sztuki. Szefem artystycznym Festiwalu został młody lwowski dziennikarz i publicysta Ostap Protsyk.
Kolejnym festiwalem był Festiwal Kultury Białoruskiej. Jego organizacja zbiegła się z podpisaniem przez miasto Wrocław umowy o ustanowieniu stosunków partnerskich z Grodnem na Białorusi.
W styczniu 2005 roku odszedł inicjator i założyciel Kolegium Europy Wschodniej – Jan Nowak-Jeziorański. Zmarł po długiej i ciężkiej chorobie. Został pochowany na Cmentarzu Powązkowskim w Warszawie. Po odejściu swojego założyciela Kolegium Europy Wschodniej przybrało jego imię. Od tej chwili pełna nazwa naszej instytucji brzmi: Kolegium Europy Wschodniej im. Jana Nowaka-Jeziorańskiego we Wrocławiu.
Ważnym momentem w dziejach Kolegium Europy Wschodniej było powstanie dwóch pism: dwumiesięcznika Nowa Europa Wschodnia i kwartalnika, a następnie dwumiesięcznika New Eastern Europe. Oba pisma mają swoją siedzibę w Krakowie.
W latach 2009-2011 Kolegium Europy Wschodniej koordynowało budowę we Lwowie Pomnika Pomordowanych Profesorów Lwowskich.
Od roku 2014 Kolegium Europy Wschodniej zarządza Zamkiem na wodzie w Wojnowicach koło Wrocławia.I tu zaczyna się nowy rozdział w historii Kolegium Europy Wschodniej.
