Idea powołania Kolegium Europy Wschodniej narodziła się wiosną 2000 roku podczas pobytu Jana Nowaka-Jeziorańskiego we Wrocławiu oraz podróży do Międzynarodowego Domu Spotkań Młodzieży w Krzyżowej. Niedługo potem na łamach Tygodnika Powszechnego inicjator powołania fundacji napisał:

"Opuszczałem Krzyżową przeświadczony, że jest to strategiczna reduta w walce o szczęśliwą i bezpieczną przyszłość Polski, a także w przekonaniu, że muszą powstać odpowiedniki Krzyżowej jako miejsca spotkań Polaków i Ukraińców, Polaków i Rosjan, Białorusinów i Litwinów."

Dla realizacji tego zadania 9 lutego 2001 roku powołano fundację. Ma ona charakter pozarządowy, niedochodowy, nie jest związana z żadnymi ugrupowaniami politycznymi i związkami wyznaniowymi.

Fundacja działa na rzecz współpracy pomiędzy narodami Europy Środkowej i Wschodniej. Swoje cele statutowe realizuje poprzez działalność edukacyjną, kulturalną, wydawniczą, programy rozwojowe wspierające transformację w krajach Europy Wschodniej, organizację spotkań, wykładów i konferencji.

Siedziba Kolegium znajduje się we Wrocławiu, o którym Jan Nowak-Jeziorański mówił:

"Wrocław to miasto, którego mieszkańcy mają swoje korzenie przede wszystkim na wschodzie. Lwowskie sentymenty Wrocławian przekonały mnie, że pomysł powołania organizacji o charakterze pojednawczym, a nie rewizjonistycznym zyska poparcie wielu środowisk. Tak też się stało. Samorząd Wrocławia, Urząd Marszałkowski oraz Zakład Narodowy im. Ossolińskich są jednymi z założycieli Kolegium i aktywnie wspierają nasze działania. Pokojowe relacje między narodami buduje się najskuteczniej na poziomie obywateli, taki fundament pozwala skutecznie współpracować rządom. Nazywam takie działania dyplomacją społeczną i chciałbym, aby tak działało Kolegium Europy Wschodniej."